Keluarga Batman telah kembali ke masa kini untuk menemukan bahwa Jepang telah menghilang, dan sebuah pulau raksasa – Hinomoto – kini berada di langit di atas Kota Gotham. Di puncaknya terdapat Yakuza, sekelompok individu berkekuatan super yang memerintah tanpa kehormatan atau kemanusiaan dan tampak mencurigakan seperti Justice League. Sekarang, giliran Batman dan sekutunya untuk menyelamatkan Gotham!